أكثر ما  طبع التحقيق بملف إنفجار المرفأ توقفه عن المتابعة ثلاث مرات طبعت إثنتان منها  فاصلا" زمنيا" طويلا" ليعاد بعدها إستئنافه.  

في ١٣ آب ٢٠٢٠ عين القاضي فادي صوان محققا" عدليا" في هذه  الجريمة . وأصدر مذكرات توقيف بحق ٢٢ شخصا" بينهم أربعة ضباط في الجيش والأمن العام، ومسؤولون  جمركيون وإداريون في المرفأ وعمال تلحيم كانوا عملوا على تلحيم باب العنبر رقم ١٢ حيث كانت النيترات أمونيوم موضوعة بعد إفراغ حمولة ٢٧٥٠ طنا" من الباخرة إلى هذا العنبر . وفي ١٥ نيسان ٢٠٢١ أخلى المحقق العدلي الذي خلفه القاضي طارق البيطار ستة منهم في عدادهم الضباط الأربعة. 

 في العاشر من كانون الاول  إدعى القاضي صوان على رئيس الحكومة الأسبق حسان دياب وثلاثة وزراء سابقين وزير المالية  النائب علي حسن خليل ووزيري الأشغال  النائب غازي زعيتر ويوسف فنيانوس  طبقا" للإدعاء العام بجرم الإهمال والقصد الإحتمالي، وذلك بعد حوالى أربعة أشهر على تسلمه مهامه. لم يمثلوا امامه لإستجوابهم  إذ تقدم خليل  وزعيتر  بطلب نقل ملف المرفأ الى محقق عدلي آخر ما . وإثر هذا الطلب علّق القاضي صوان تحقيقاته لشهرين . وكانت المرة الاولى التي يتوقف فيها هذا التحقيق .  وفي ١٨ شباط ٢٠٢١ أيدت  محكمة التمييز   طلب النائبين نقل الدعوى من القاضي صوان الى قاض آخر  بعدما  اثارا فيه  مسألة صلاحية المجلس الأعلى لمحاكمة الرؤساء والوزراء في ملاحقة الوزراء السابقين فيما إعتبر قرار نقل دعوى ملف المرفأ في خلاصته الى  ان منزل القاضي صوان  تضرر جراء الإنفجار ما يمكن ان يؤثر على حياديته. 

بعد يومين على قرار محكمة التمييز وتحديدا" في ٢٠ شباط ٢٠٢١ وافق مجلس القضاء الأعلى على تعيين القاضي طارق البيطار خلفا" للقاضي صوان. وتابع التحقيق من النقطة التي وصل اليها سلفه معتمدا" الإستراتيجية ذاتها في عمله.

سجل عام ٢٠٢١ تقديم اكبر عدد من  الطلبات لرد القاضي البيطار ونقل التحقيق من يده الى يد قاض آخر ودعاوى مخاصمة .جرى تقديمها  أمام محكمتي الإستئناف في بيروت  والتمييز  والهيئة العامة لمحكمة التمييز  من الوزراء السابقين خليل وزعيتر وفنيانوس بينها طلبان أيضا" من المشنوق ، وطلب من الرئيس دياب ، وكذلك طلب من كل من أحد المصابين في الإنفجار وأحد ذوي الضحايا وسبعة من المدعى عليهم، اخلي  سبيلهم لاحقا". وجميعها تؤول الى طلب كف يد المحقق العدلي عن التحقيق . وشملت دعاوى  المخاصمة  رئيس محكمة التمييز الذي كان ينظر  بطلبات رد المحقق العدلي ونقل الملف الى قاض ، وكذلك  المستشارة لدى هذه  المحكمة، إضافة إلى  طلبات رد بوجه قضاة في محكمة الاستئناف. وناهز عددها في المجمل ٣٠ طلبا" ودعوى مخاصمة  جرى بت عدد منها. وتبع ذلك تحديد الهيئة العامة لمحكمة التمييز،  في  قرار لها ، ان محكمة التمييز هي المرجع الصالح لبت طلبات رد المحقق العدلي، وذلك  بعد إعلان محكمة الإستئناف عدم إختصاصها النظر في هذا النوع من الطلبات. وكانت المرة الثانية التي يتوقف فيها التحقيق بملف المرفأ. حصل كل ذلك  قبل ان يدخل القضاء في مأزق تقاعد ستة رؤساء غرف محكمة لدى محكمة التمييز تباعا" . وإنعكس ذلك على توقف عمل الهيئة العامة لمحكمة التمييز لعلة فقدان الأكثرية في عضويتها المؤلفة من رؤساء غرف محكمة التمييز العشرة  ، علما" ان هذه الهيئة يترأسها حكما" القاضي سهيل عبود . ولرأب هذا الشغور   لجأ مجلس القضاء إلى وضع   مشروع تشكيلات قضائية جزئية يشمل رؤساء هذه  الغرف، لتتمكن الهيئة العامة من إستناف عملها،كما ليتمكن رؤساء الغرف المعنيين من الفصل في المراجعات المطروحة أمامهم . لكن هذا المشروع لم يبصر النور لأسباب سياسية. وتبع ذلك عدم موافقة مجلس القضاء على طرح تعيين محقق عدلي رديف ليتولى بت دفوع شكلية يمكن ان تثيرها الجهة المدعى عليها كون المحقق العدلي الأصيل اوقف متابعة النظر في ملف المرفأ بفعلها.   

 وتطور آخر حصل في ٢١ ايلول من العام ٢٠٢١ عندما نقلت إعلامية رسالة من رئيس وحدة التنسيق والارتباط في حزب الله وفيق صفا الى المحقق العدلي تحمل تهديدا" "بقبعه" .

 وسبق هذه المراجعات امام القضاء إجراءات اتخذها القاضي بيطار في ١٦ ايلول ٢٠٢١ عندما اصدر مذكرة غيابية بتوقيف فنيانوس ، ومذكرة اخرى غيابية اصدرها في كانون الاول ٢٠٢١ بتوقيف خليل، اوقفت النيابة العامة التمييزية تنفيذهما عام ٢٠٢٤.

في ٣٠ ايلول ٢٠٢١ حدد القاضي البيطار جلسة لإستجواب خليل والاول من الشهر التالي تشرين الاول لإستجواب زعيتر والمشنوق  كمدعى عليهم.

في ١٤ تشرين الاول ٢٠٢١ واثناء توجه تظاهرة من مناصري حركة امل وحزب الله الى أمام المدخل الخارجي لقصر العدل حصل حادث الطيونة وتدخل الجيش لفضه. وادى الحادث الى سقوط ست ضحايا .

بعد ١٣ شهرا" على توقف التحقيق في ملف المرفأ للمرة الثانية بسبب عدم بت طلبات رد ودعاوى مخاصمة عالقة عاد القاضي البيطار الى مكتبه في قصر العدل في مطلع كانون الاول ٢٠٢٣  واستأنف تحقيقاته مستندا" الى قرار للرئيس الأسبق للمجلس العدلي القاضي فيليب خيرالله ودراسة قانونية تعتبر ان المحقق العدلي لا يٌرَد وإنتفاء وجود نص قانوني  بردّه . وقرر إخلاء سبيل خمسة موقوفين ورد ١٢ طلبا" لتخلية آخرين. وادعى في الوقت نفسه  على ثمانية مسؤولين امنيين وقضائيين بمن فيهم  النائب العام التمييزي السابق القاضي غسان عويدات الذي قابل  إستئناف  المحقق العدلي بالرفض لعدم بت طلبات الرد ودعاوى المخاصمة العالقة.  وقرر  تخلية  جميع الموقوفين ومنعهم من السفر . كما إدعى على القاضي البيطار بإغتصاب سلطة وأصدر قرارا" بمنعه من السفر وطلب من قلم النيابة العامة عدم تنفيذ أي إجراء يتخذه المحقق العدلي، ما إستتبع توقف التحقيق للمرة الثالثة .

 في شباط ٢٠٢٤ تسلم  القاضي جمال الحجار مركز النائب العام التمييزي بالتكليف بتقاعد القاضي عويدات. وعقد سلسلة إجتماعات مع القاضي البيطار الذي كان عاود الحضور الى مكتبه في قصر العدل . ولم تسفر تلك الإجتماعات  عن إطلاق يد التحقيق من جديد . ومع إنتخاب العماد جوزف عون رئيسا" للجمهورية وتشكيل الحكومة الجديدة برئاسة نواف سلام وتشديدهما على مبدأ إستقلالية القضاء، دخل وزير العدل  عادل نصار  على خط تعبيد الطريق امام إستئناف التحقيق بملف المرفأ من خلال حضور فريق تحقيق فرنسي بالقضية نفسها الى لبنان والاجتماع بالقاضي البيطار حول ضحايا فرنسيين سقطوا بنتيجة في هذا الإنفجار. وفي الموازاة الغى القاضي الحجار في العاشر من آذار  الماضي قرار النائب العام التمييزي السابق عويدات لجهة منع قلم النيابة العامة التمييزية تنفيذ أي إجراء  يصدر عن المحقق العدلي.وتبعا"لذلك تسلم قلم النيابة العامة التمييزية الإستنابات أصدرها المحقق العدلي الى الخارج أخذت طريقها في حينه الى التنفيذ. وإستجوب تباعا" عددا" من المدعى عليهم تباعا" .

وكان  المحقق العدلي استأنف في ١٦ كانون الثاني الماضي عمليا"  تحقيقاته وادعى على سبعة ضباط كبار  في الامن العام . ثم إستجوب تباعا"  قائد الجيش السابق العماد جان قهوجي، المدير العام السابق للأمن العام اللواء عباس إبرهيم ،المدير العام السابق لأمن الدولة اللواء طوني صليبا. ومن السياسيين إستجوب  رئيس الحكومة الأسبق دياب والوزير السابق المشنوق . ولم يحضر أمامه زعيتر وعويدات.